微生物属于自然界的一类大分类，其在农业中的应用也越来越广泛。但是由此也带来了很多混乱，比如市场上单纯的以微生物菌含量高低作为产品优质与否的宣传引导，这是一个非常片面的，我甚至会把它称为别有用心的技术营销。微生物如人类一样，同样的属性，比如男性、女性，但是长相，性格差异确很大。微生物也一样，同样的枯草芽孢杆菌，在具有共同性的前提下，其差异性也是非常巨大的。对微生物分类这样基础的了解，有助于我们对这一偏差认知进行调整。
微生物的分类等级与动植物的分类等级相似，遵循生物分类学的基本原则。以下是微生物分类的主要等级，从大到小排列：
1. 界（Kingdom）：
- 微生物主要分为几个大的界，如细菌界（Bacteria）、古菌界（Archaea）、真菌界（Fungi）、原生生物界（Protozoa）等。
2. 门（Phylum）：
- 每个界下面又分为不同的门。例如，细菌界下有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等。
3. 纲（Class）：
- 门下分为不同的纲。例如，变形菌门下有α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）和β-变形菌纲（Betaproteobacteria）。
4. 目（Order）：
- 纲下分为不同的目。例如，α-变形菌纲下有红细菌目（Rhizobiales）。
5. 科（Family）：
- 目下分为不同的科。例如，红细菌目下有根瘤菌科（Rhizobiaceae）。
6. 属（Genus）：
- 科下分为不同的属。属是微生物分类中比较具体的一个等级，例如根瘤菌科下的属有根瘤菌属（Rhizobium）。
7. 种（Species）：
- 属下分为不同的种。种是生物分类的基本单位，具有相似的形态特征和遗传特性。例如，根瘤菌属下的种有大豆根瘤菌（Rhizobium leguminosarum）。
8. 亚种（Subspecies）：
- 有时，种下还可以细分为亚种，表示在种内具有某些特征差异的群体。
9. 株（Strain）：
- 在微生物学中，株通常指具有特定遗传特性的单一菌落或克隆群体。虽然不是正式的分类等级，但株在微生物的描述和识别中非常重要。
微生物的分类不仅基于形态学特征，还依赖于生理学、生态学和分子生物学的数据。随着分子生物学技术的发展，特别是基因序列分析技术的应用，微生物的分类变得更加精确和系统。例如，16S rRNA基因序列分析已成为细菌和古菌分类的重要工具。
